هكذا بعد أن خمد ضياء هذه المدرسة وانطفأ نورها، أصيبت الكنيسةالمصرية بالذبول والضعف، فلم يعد لباباواتها ما كان لهم في العصور المسيحية الأولى من الثقافة اللاهوتية التي تمكنهم من قيادة الكنيسة القيادة الحكمية.
وأخيرًا لم يصح القبط لأهمية هذه المدرسة إلا بعد أن جاء البابا كيرلس الرابع المعروف بأبو الإصلاح إذ مهد لإنشاء مدرسة إكليريكية لتعليم رجال الدين في الفجالة سنة 1862 ثم بعد ذلك فتح مدرسة إكليريكية سنة 1874 وما أن جاء البابا كيرلس الخامس ففتح الإكليريكية الجديدة التي لم يستطع سلفه أن يكمل العمل فيها وقد عهد بإدارتها إلى القمص فيلوثيئوس إبراهيم علم الدين الذي كان عالمًا لاهوتيًا شهيرًا ولكن هذه النبتة لم تستمر كثيرًا إلا بضعة شهور، ولكن شاء الرب الإله أن تفتح الإكليريكية من جديد سنه 1892 ويديرها المرحوم يوسف بك منقريوس..الذي بعد نياحته عين الأستاذ الارشيدياكون حبيب جرجس أستاذًا ثم مديرًا لها ثم بعد نياحته صار القمص إبراهيم عطية مديرًا لها حتى 30 سبتمبر سنة 1962 حيث رسم قداسة البابا كيرلس السادس القمص انطونيوس السرياني أسقفًا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية باسم "نيافة الأنبا شنوده" وصار للإكليريكية أسقفاً ودخلت بذلك المجمع المقدس وأخيرًا رجعت الكنيسة إلى عصورها الأولى حيث مدير الإكليريكية يصير بطريركًا كتقليدها القديم في 14 نوفمبر 1971 جلس نيافة الأنبا شنوده أسقف الإكليريكية على السدة المرقسية باسم (قداسة البابا شنودة الثالث) وأصبح أبو الآباء وراعي الرعاة وراعي الإكليريكية الأكبر الله ينيح نفسة الطاهرة فى فردوس النعيم